Après avoir obtenu une licence en biologie humaine, j'ai poursuivi un master en bioinformatique. Je suis passionnée par l'ingénierie logicielle, le développement web et l'analyse de données appliquée à la biologie. J'ai hâte de mettre en pratique les compétences acquises au cours de mes études et de mes expériences professionnelles dans un poste en bioinformatique.
Ce site web est l'un de mes projets personnels. Il illustre mes compétences en programmation, notamment en HTML et CSS, et est disponible en anglais. J'y ai intégré des liens vers les différentes formations auxquelles j'ai participé, et vous pouvez me contacter via mon profil LinkedIn ou par email.
Python, Java, C, C++, Bash
HTML, CSS, Javascript, Typescript, Angular
PostgreSQL
Linux, MacOS, Windows
Design pattern, XML, JSON, UML
Blast, Galaxy, Bowtie2, ClustalW
Data mining, langage de programmation R
ImageJ
Visualisation de données structurales en 2D et 3D (SVG et webGL)
Biologie humaine, Physiopathologie, Biochimie
Le Laboratoire Européen de Biologie Moléculaire (EMBL) compte parmi ses établissements l'Institut Européen de Bioinformatique (EBI). Ce dernier a pour but de générer et centraliser les données moléculaires afin de les rendre accessibles au public. J'ai eu la chance de travailler au sein de l'équipe traitant des réseaux moléculaires. Durant mon stage au sein de l'entreprise, j'ai eu l'occasion de développer le Molecular Complex Navigator, un outil de visualisation et de comparaison web des complexes protéiques disponible en cliquant sur ce lien. Cet outil web, développé en TypeScript avec le framework Angular, est performant tout en étant interactif. L'intégration de données telles que l'orthologie permet une comparaison des complexes à travers les espèces. Cette dernière a nécessité l'ajout de nouvelles références vers la base de données Panther, intégrées dans notre propre base grâce à du code Java utilisant le framework Spring. Ce projet m'a permis de développer mes compétences en développement web et en communication, notamment grâce aux diverses présentations que j'ai réalisées (Scientific Advisory Board, EMBL-EBI Protein and Complexes Day, HUPO Conference 2024).
À la suite de mon stage au sein de l'EMBL-EBI, j'ai eu l'opportunité de rester dans l'équipe des réseaux moléculaires pour mettre à jour et améliorer le XML Maker. Cette application Java utilisant le framework Spring est un outil essentiel pour les curateurs scientifiques, permettant de générer des fichiers XML à partir des données fournies par les laboratoires. La première étape de ce projet a été l'implémentation d'un formateur permettant aux curateurs de convertir des noms de gènes et de protéines en numéros d'accession UniProtKB. Cela représente un gain de temps considérable pour les curateurs qui extrayaient auparavant ces données manuellement. La seconde étape de ce projet, toujours en cours, est la refonte du générateur de fichiers XML pour implémenter les formats standards PSI-MI à l'aide d'une bibliothèque adaptée.
L’objectif de ce projet était la construction d'une flotte de robots détectés par des marqueurs ArUco via une caméra externe. Dans le cadre de ce projet de groupe, nous avons modélisé le robot à l'aide du logiciel OnShape, puis nous avons assemblé les robots. Ces robots sont équipés d'un microcontrôleur ESP32 et d'un driver L298N permettant de contrôler deux moteurs.
Ma contribution au projet a été l’implémentation du code sur le microcontrôleur via l'IDE (environnement de développement intégré) ArduinoIDE. Cet IDE utilise le langage de programmation C++, orienté vers la programmation de matériel. J'ai également développé le site web permettant de contrôler les robots, en utilisant le langage de programmation HTML.